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La posición lograda en liga permitió al Mirandés jugar la promoción de ascenso a Segunda División 2011. En la primera ronda eliminó al potente Cádiz Club de Fútbol con un 4-3 en el marcador global. En la temporada 2007-08 el equipo consiguió su cuarto título de liga seis jornadas antes de acabar el campeonato y consiguió su récord propio de puntuación en liga con un total de 95 puntos. Los campeonatos regionales de 1935 fueron reestructurados haciéndose cinco grandes campeonatos: la Copa Vasca, el Campeonato Catalán, el campeonato Centro-Aragón, el Levante-Sur y el Galaico-Astur (aunque este último separó en dos torneos, uno gallego y otro asturiano); las islas Baleares, las Canarias y el Norte de África tenían sus propias competiciones. En el torneo regional de la Copa Castilla y León 2013, el Mirandés logró alzarse con el primer puesto por segundo año consecutivo tras derrotar al Real Valladolid. Tras cinco años en tercera, el equipo consiguió su segundo título de liga en la temporada 2002-03 y ascendió a segunda división B tras vencer en liguilla de ascenso a Huesca, futbol camisetas Tropezón y Lemona. El equipo salvó su plaza en segunda división B el penúltimo partido de liga. 1998, pero en el 2000 bajó de Tercera División, jugó un año en Cuarta División y volvió a ascender en el 2001 (subcampeón).

En su primer año en tercera tras el descenso el equipo acabó en segunda posición tras la Gimnástica Segoviana y jugó el play-off de ascenso contra el Cobeña que finalmente ascendió. En la temporada 2003-04 el C. D. Mirandés acabó la liga en tercera posición con la posibilidad de jugar el play-off de ascenso a segunda división por segunda vez en su historia. En la temporada 1988-89 el C. D. Mirandés consiguió su primer título de liga de tercera división con Juan Manuel Lillo como entrenador y además recuperó de nuevo la categoría hasta 1991. El 16 de febrero de 1992 se produjo su primer encuentro internacional al jugar un partido amistoso contra el Dukla Praga para inaugurar la iluminación artificial del estadio de Anduva. El 26 de febrero de 2013 fue el día que los socios del Mirandés votaron a favor (64,75%) de iniciar la conversión de la entidad en SAD por imposición de la Liga de Fútbol Profesional.

Liga de Campeones de la UEFA, Copa de la UEFA, Copa Intertoto de la UEFA, Supercopa de la UEFA y Copa Intercontinental. La UEFA destacó en una nota de prensa la condición de matagigantes del club rojillo. Al año siguiente, en 2009, el Mirandés concluyó la temporada en segunda posición tras el Club de Fútbol Palencia. Ese mismo año el club recibió el Trofeo Invicto Don Balón tras aguantar 35 partidos sin perder. En total, el club deberá suscribir y desembolsar un capital social mínimo de 2.240.059 euros antes del 29 de julio si quiere seguir compitiendo en la Liga Adelante. La primera temporada en liga profesional se planteó como un reto, no en vano Miranda de Ebro era la ciudad más pequeña del país con equipo profesional en ese momento. Investigaciones periodísticas posteriores señalaron que la fotografía fue tomada en una iglesia de Yautepec de Zaragoza el 12 de diciembre de 2018, dos meses después de que Cuahtémoc Blanco asumiera como gobernador de Morelos. Su segundo hijo nació en el Hospital Quirónsalud Sagrado Corazón de Sevilla el 20 de noviembre de 2018, llamado Romeo Navas Moral.

La siguiente temporada 2011-12, quedó de nuevo englobado en el segundo grupo de Segunda División B junto a castellanos, cántabros, vascos, riojanos y navarros. En la temporada 2013-14, el conjunto rojillo quedó 19.º en la clasificación de la Segunda División. La temporada transcurrió irregular, lo que mantuvo al club rojillo en la parte baja de la clasificación. Además se realizó una importante gala donde se premió a aquellas personas que habían contribuido en mejorar el estado del club. El Fútbol fantasy desde sus primeros formatos y opciones, fue adoptado por la afición mexicana al deporte, sin embargo, con la irrupción de las tecnologías móviles, se generó una nueva forma de acercar al aficionado a sus pasiones. Empezó ganándole a Luxemburgo 0-3 (visita), luego perdió 0-2 con Francia (local), empató con Albania 1-1 (visita), le ganó a Rumania 2-1 (local) y 0-3 (visita), le ganó a Albania 2-0 (local) y a Bielorrusia 0-2 (visita) y 1-0 (local), le ganó a Luxemburgo 5-0 (local) y terminó empatando con Francia 1-1 (visita) logrando de esta forma 20 puntos y consiguiendo el segundo puesto detrás de Francia (21), que le dio la posibilidad de jugar el repechaje. El 25 de junio de 2013 el empresario mirandés Vicente España Revilla apalabro ser el máximo accionista del Mirandés al pretender adquirir cerca del 60% de las acciones del club, mientras que el otro 40% quedó repartido de forma muy heterogénea entre la masa social de la ciudad.